기원전 379년, 하코르가 세상을 떠났습니다. 그의 아들 네파루드 2세가 제29왕조의 파라오로 즉위했지만, 4개월 만에 넥타네보 1세의 반란으로 쫒겨났습니다. 이 반란으로 제29왕조는 종말을 맞이하고, 이후 제30왕조가 설립되어 이집트의 최후의 고대 이집트계 토착 왕조가 탄생했습니다.
넥타네보 1세는 장군 출신으로, 탁월한 건설 능력과 지도자로서의 역량을 지녔습니다. 그는 수 세기 동안 황폐해진 이집트를 대규모로 복구하였으며, 이로써 이집트는 다시 활기를 찾게 되었습니다. 필레 섬에 신전을 건설하고 덴데라에 작은 장례 신전을 세웠으며, 동물숭배의 관습과 동물 미라화의 전통을 부활시켰습니다.
또한 넥타네보 1세는 군주로서 사제들에게 관대한 지도를 보였습니다. 그는 사이스와 주변 지역에서 걷은 세금의 10% 이상을 신전에 기부하는 등 신관들에게 막대한 자금을 지원했습니다.
기원전 374년에는 페르시아의 아르타크세르크세스 2세가 다시 한번 이집트를 침공했습니다. 그러나 이집트는 6년 동안 페르시아의 침공에 대비해 온 덕분에, 200,000명 이상의 대군을 격퇴하여 페르시아의 야욕을 무력화시켰습니다. 이집트는 페르시아의 공격을 무마시키며 승리를 차지하였습니다.
기원전 361년, 페르시아의 대 침공을 막아내고 이집트를 복구한 넥타네보 1세는 19년의 재위 끝에 세상을 떠났습니다. 이미 넥타네보 1세 시대에 공동 파라오로 즉위하며 예비 왕위 계승자로 지명된 테오스가 그의 뒤를 이어 파라오로 즉위하게 되었습니다.
넥타네보 1세는 나일강 유역에서 페르시아 대군을 격퇴한 공적으로 기억되었으며, 이를 고무해 테오스는 페르시아의 소아시아 지방에서 발생한 반란으로 인해 페르시아가 정신을 차리지 못하는 동안 이집트의 옛 영토인 팔레스타인과 시리아 일대를 탐하게 되었습니다. 테오스는 스파르타의 아게실라오스 2세와 아테네의 지원을 받아 새로운 원정을 준비했지만, 아직 내전과 페르시아의 식민 지배로 회복하지 못한 이집트가 곧바로 대원정을 수행하는 것은 어려웠습니다. 따라서 테오스는 원정을 위해 과세를 신규로 도입하였고, 넥타네보 1세가 신전에 바친 공물과 보물까지 빼앗아 와 국민들의 큰 불평을 일으켰습니다. 테오스의 인기는 급격히 떨어지게 되었습니다.
이에 테오스는 국외로 출국하여 그리스에 꾸려진 원정대에 합류하기로 결심했습니다. 그러나 테오스가 떠난 틈을 타서 섭정을 맡은 동생 넥타네보 2세는 이미 형을 몰아내고 자신이 파라오가 되고자 했습니다. 결국 넥타네보 2세는 테오스의 해외 출국을 이용하여 반란을 일으켜 파라오로 선포하게 되었습니다.
쿠데타를 일으켜 해외에 머물던 테오스를 부정하고 파라오로 즉위한 넥타네보 2세는 테오스의 흔적을 모두 지워버리기로 결심했습니다. 그는 테오스가 세력을 회복하여 돌아올까 봐 두려워했고, 이를 위해 스파르타의 아게실라오스 2세에게 공문을 보내 테오스를 송환해 달라고 요구했습니다. 당시 아게실라오스 2세는 테오스와의 지방 통치 권한을 놓고 다투던 중이었기 때문에 흔쾌히 승낙했습니다.
그러나 아게실라오스 2세마저 자신을 버리자 테오스는 더 이상 머물 곳을 잃어버리고 망명을 떠납니다. 그리하여 넥타네보 2세는 테오스를 돌려보내 달라고 페르시아에 요구했습니다. 그러나 페르시아는 이를 무시하고 테오스를 그대로 사슬에 묶어 이집트로 송환시켰고, 테오스는 이집트에서 처형당하게 되었습니다. 이로써 넥타네보 2세가 완전히 정당한 파라오로 등극하게 되었습니다.
넥타네보 2세의 20년 정도의 재위 기간 동안 이집트는 상당한 안정을 즐겼습니다. 그는 테오스 시절에 끊긴 신관들의 지원을 복구하기 위해 신전들에 큰 지원을 하였으며, 외국의 적과는 계속해서 대립했습니다. 아르타크세르크세스 3세는 기원전 344년 그리스에 사절단을 보내 이집트를 공격할 연합군을 구성하기를 요청했지만, 그리스의 반응은 부정적이었습니다. 그런데도 아르타크세르크세스 3세가 이집트로 진격하자 넥타네보 2세는 대군을 동원하여 저항했으나 결국 패배하고 후퇴하게 되었습니다. 그 결과, 아르타크세르크세스 3세는 기원전 342년에 멤피스에 진입하고 넥타네보 2세는 누비아로 도망치게 되었습니다. 그 이후 넥타네보 2세의 행적에 대해서는 알려진 바가 없습니다. 이렇게 아르타크세르크세스 3세가 다시 이집트를 정복하면서 아케메네스 왕조의 두 번째 지배기가 시작되었습니다.