아미르타이우스가 페르시아를 내쫒고 제28왕조를 세우면서 이집트는 다시 독립의 길을 걸었습니다. 기원전 404년부터 기원전 343년까지 대략 60년간의 짧은 독립 기를 경험했으며, 이 기간에 이집트 출신의 파라오들로 이뤄진 제28왕조, 제29왕조, 제30왕조가 연달아 등장했습니다.
페르시아의 총독을 추방하고 새로운 파라오로 즉위한 제28왕조의 아미르타이우스는 다른 이름으로 프삼티크 5세로도 알려져 있습니다. 그는 사이스에서 태어나, 기원전 411년부터 다리우스 2세에 대한 반란을 시작하여 게릴라 전술을 통해 페르시아 군대를 괴롭혔습니다. 다리우스 2세의 사망 이후, 페르시아 제국이 혼란에 빠지자 아미르타이우스는 대관식을 열고 파라오로 자칭했습니다.
파라오가 다시 등장한 소문에 놀란 다리우스 2세의 후계자 아르타크세르크세스 2세는 이집트로 진압군을 보내려 했지만, 그의 동생 소(小) 키루스와의 정치적 갈등으로 인해 내분을 겪게 되었습니다. 이에 따라 페르시아 군대는 남부 상이집트에 남아있었지만, 아르타크세르크세스 2세는 이집트의 파라오로 인정받았습니다. 그러나 상이집트 일대는 여전히 아미르타이우스가 장악하고 있었습니다.
아미르타이우스의 통치는 오래가지 못하고, 얼마 후에 내전이 발발하여 멘데스 출신의 네파루드 1세가 왕위를 차지하게 되었습니다. 아미르타이우스는 기원전 399년 10월에 멤피스에서 처형되었으며, 그의 통치는 짧게 기억되었습니다.
아미르타이우스를 꺾고 새로운 파라오가 된 네파루드 1세는 제29왕조의 시작을 알렸습니다. 아미르타이우스가 처형된 직후, 네파루드 1세는 파라오로 즉위하고 수도를 사이스에서 자기 고향인 멘데스로 옮겼습니다. 그러나 그의 통치는 짧은 6년 동안이었지만 상이집트 일대에 큰 영향을 미쳤습니다.
네파루드 1세는 상이집트 일대로 진출하고, 오랜 세월 동안 방치되어 있던 테베의 카르나크 대신전을 부분적으로 복구하는 등 건축 활동에 힘을 쏟았습니다. 그는 자신의 이름을 후세에 남기고자 여러 건축 프로젝트를 진행했습니다.
또한 네파루드 1세는 최대의 적국이었던 아케메네스 왕조 페르시아를 견제하는 데 열심히 노력했습니다. 특히, 스파르타의 아게실라오스 2세와의 관계가 주목받았습니다. 스파르타가 페르시아의 공격을 막아내고 있던 로도스섬에 네파루드 1세는 50만 갤런에 해당하는 밀을 함대에 실어 보냈습니다. 그러나 아쉽게도 이집트 보급 함대가 로도스에 도착하기 직전에 페르시아의 손에 빠졌고, 함대에 있던 밀은 아테네 함대가 수용했다고 전해집니다.
기원전 393년 겨울에 네파루드 1세는 세상을 떠나며 그의 통치는 종식되었습니다. 그의 짧은 재위 기간 동안 이집트는 다양한 도전과 노력을 경험했고, 그의 업적은 후세에 기억되었습니다.
네파루드 1세의 통치가 종료되면서 그의 아들 하코르가 왕위에 올랐습니다. 그러나 하코르의 왕위는 매우 불안정했으며, 단 년 만에 프삼무테스라는 인물에 의해 쫓겨났습니다. 하지만 하코르는 절대 포기하지 않았습니다. 그는 빠르게 군대를 재정비하고 찬탈자 프삼무테스를 몰아내어 왕좌를 회복했습니다. 이후, 하코르는 마치 프삼무테스가 존재하지 않았던 것처럼 자신의 재위 원년을 유지하며 파라오로서 활약했습니다.
하코르는 짧은 재위 동안 제29왕조를 이끌었던 왕으로, 그의 통치는 이집트에 많은 영향을 미쳤습니다. 약 13년 동안 재위한 그는 상이집트 일대에 여러 건축물을 건설하는 등 문화와 건축에 큰 관심을 보였습니다. 특히, 페르시아의 잔존 세력을 몰아내고 이집트를 통일하는 업적을 이룩했습니다.
외교적으로는 네파루드 1세의 정책을 계승하여 페르시아를 견제하고 그리스 원조를 지속했습니다. 그는 키프로스 섬의 이바고라스 1세의 반란을 지원하여 페르시아의 분노를 샀으며, 이로 인해 페르시아는 이집트에 대한 공격을 결정했습니다. 그러나 페르시아의 공세는 기원전 385년경에 이집트에서 격퇴당했습니다.
페르시아는 키프로스를 정복한 후에도 하코르와 이집트와의 관계를 끊지 않았으며, 아테네 등과 동맹을 맺고 페르시아의 압박을 견제했습니다. 하코르는 왕위에서 이집트를 지켜내는 데 큰 역할을 하였고, 그의 통치는 제29왕조의 전성기를 물질렀습니다.