이집트의 역사는 이슬람의 등장으로 큰 전환을 겪게 되었습니다. 이에 따라 이집트 문화는 로마, 그리스, 기독교, 이슬람 문화와의 융합을 거쳐 현재의 다채로운 문화를 형성하게 되었습니다. 그러나 이 진행 중에도 이집트는 여전히 중요한 지역 중 하나로서 번영과 강세를 유지하며 각 왕조 시대에 번영을 이어갔습니다.
640년경, 이집트는 아랍인들의 침공을 받아 자진해서 아랍 치하에 들어가게 되었습니다. 당시에는 곡물을 착취당하며 콘스탄티노폴리스 정부와의 관계가 긴장된 상태였기 때문에, 이집트는 아랍 치하에 들어가는 선택을 했습니다. 그러나 이에 따라 독립은 유지되지 않았고, 오히려 이집트는 아랍 문화와 이슬람화가 시작되는 곳이 되었습니다.
기독교와 이슬람의 신앙 차이로 인해, 이집트는 이슬람 치하로 들어감과 동시에 변화가 시작되었습니다. 초기에는 아랍 정부가 기독교도들을 융화하려 노력했지만, 이슬람 군주들이 강세를 보이며 관용이 더 이상 필요하지 않았습니다. 그러나 기독교도들에 대한 장기적이고 정책적인 박해는 발생하지 않았으며, 콥트어를 금지하는 법령도 시행되지 않아 콥트어가 여전히 사용되었습니다.
이집트는 물로 둘러싸여 있어 제국과의 연결이 어려운 알렉산드리아 대신, 멤피스 근교에 푸스타트라는 신도시가 건설되었습니다. 이후에는 우마이야 왕조(661~750)와 아바스 왕조 시대를 거쳤습니다. 이 시대에는 이븐 툴룬 모스크와 같은 중요한 건축물들이 건설되었습니다.
그 후, 10세기 중후반인 969년에 이집트는 중요한 역사적 변화를 겪었습니다. 이때 시아파 파티마 왕조의 통치가 시작되었는데, 그 원인은 이흐시드 왕조(935~969) 시기에 일어난 대기근 때문이었습니다. 파티마 왕조는 이집트를 점령하고 신도시인 카이로(알-카히라)를 수도로 정하였습니다. 이 시대에는 알-아즈하르 모스크와 알-아즈하르 대학과 같은 중요한 건축물들이 건설되었습니다. 알-아즈하르 모스크의 이름은 “가장 꽃이 만발한”을 직역한 것으로, 이집트의 번영을 상징하는 중요한 상징이 되었습니다.
그러나 십자군 전쟁 기간에는 푸스타트와 카이로가 청야작전으로 인해 큰 손해를 입었습니다. 또한 십자군 전쟁 중에는 이집트의 이슬람 군주들이 기독교도들을 박해하며 처형하거나 강제로 추방하였으며, 이러한 과정에서 이집트 내의 기독교도 수가 감소하면서 이집트의 이슬람화가 빠르게 진행되었습니다.
이후, 쿠르드족 출신인 술탄 살라흐 앗 디가 이집트를 정복하며 아이유브 왕조(1169~1250)를 창건했습니다. 이로써 시아파 시대는 종료되고 순니파 시대가 다시 돌아왔습니다. 십자군 전쟁은 아이유브 왕조의 시대 동안 여러 번의 휴전과 개전을 거치며 진행되었습니다.
그 후, 1250년부터는 맘루크 왕조(노예왕조)가 이집트에 등장했습니다. 이 왕조의 탄생은 술탄 알 사히르의 후궁 출신이었던 여성 명군인 샤쟈르 알 두르와 황태자 투란샤 간의 정쟁으로 시작되었습니다. 샤자르 알-두르는 80일간 재위한 후 이집트를 잇자 알-딘 아이바크와 결혼하였고, 아이바크가 술탄이 되었습니다.
맘루크 왕조는 아랍 지역에서 많은 반란과 도전에 직면하였지만, 1260년의 아인 잘루트 전투에서 몽골 칸인 훌라구 칸의 일 칸국을 격파하고, 다음 해에는 바그다드의 아바스 칼리파를 복원하여 세력을 다시 확장하였습니다. 이로써 이슬람 세계는 큰 위기에서 구해진 것이었고, 맘루크 왕조는 이슬람의 종주국으로 지위를 높이며 지중해상에서 번영을 찾았습니다.
맘루크는 14세기를 중심으로 이슬람으로 개종한 일 칸국과 시리아, 팔레스타인(특히 다마스커스 공성)과의 다수의 대결을 치르지만, 결국 맘루크가 승리하며 세력을 확장했습니다. 이로써 오스만 제국에 대항하며 동로마 제국을 지키는 역할을 하였습니다. 순니 세력이 들어오면서 알 아즈하르는 다시 학문적, 문화적 중심지로 번영을 찾았고, 카이로는 바그다드를 능가하여 이슬람 세계에서 최고의 도시 중 하나가 되었습니다. 1291년에는 십자군 잔당도 완전히 사라졌습니다.
1382년에는 튀르크족을 중심으로 한 바흐리 맘루크 왕조가 부르지 맘루크 왕조로 교체되었지만, 맘루크 왕조는 티무르의 강력한 압력으로 다마스커스를 잃게 되었습니다. 그러나 티무르 제국의 멸망 이후에 다시 세력을 회복하였고, 인도양과 지중해 전역에서 강력한 해군력을 유지하였습니다.